1、规范性
86版在某些字中的末笔识别码的取法上迁就了习惯写法，如：
我、找、龙、成……
这些字由于有一大部分有倒插笔的习惯，所以在86版中，人为地规定末笔为“丿”。而在国家笔顺规范中，这些字的末笔为“丶”，因此，在新世纪版编码时，统一将这些字规定为依照国家标准，末笔均定义为“丶”。
2、字根精减
为确保编码方案最优，为更加方便用户记忆字根，新世纪版字根有所减少，比86版少许多字根。
3、键位变动
以理论与实践为基础，为确保编码方案最优，对86版的7个字根的键位做了变动，放置在新世纪版的字根图中。
如：字根“乃”，在86版中是在“E”键上，但由于其规范笔顺为“乙、丿”，所以，新世纪中将该字根安排在了“乙”区的“B”键上。
4、编码兼容
新世纪版有着科学、完备的的编码体系，与86版、98版均有不同之处，但用户不用担心，新世纪版对这两个版本均做了兼容处理。
